La Universidad Pontificia de la Santa Cruz está integrada actualmente por las Facultades de Teología, Derecho Canónico, Filosofía y Comunicación Social Institucional, que incluyen los tres ciclos del curriculum universitario. Los títulos académicos que se conceden - Bachillerato, Licenciatura y Doctorado - tienen plena validez canónica y civil en los Estados que los reconocen.
El Instituto Superior de Ciencias Religiosas en el Apollinare (ISSRA), creado en el año 1986 y bajo tutela académica de la Facultad de Teología, es parte de la Universidad. Se caracteriza por la metodología didáctica del complex learning. Concede el título de Licenciado en Ciencias Religiosas, al finalizar el primer ciclo, y de Licenciado magistral en Ciencias Religiosas, al finalizar el bienio de la especialidad.
Para completar la oferta académica también hay un Departamento de Idiomas, que se encarga de la enseñanza tanto de  lenguas clásicas como modernas, y un Centro de Formación Sacerdotal de carácter interdisciplinar, que completa la formación pastoral y espiritual de forma sistemática.