Además de la investigación de base en torno a los cursos de las diversas disciplinas, van en esta dirección los proyectos de investigación y las iniciativas de actualización y profundización promovidos por las Facultades, entre los cuales señalamos:

• Centro de Documentación Interdisciplinar  Ciencia y Fe (DISF) - Teología
• Science, Theology and the Ontological Quest (STOQ) - Filosofía
• Corso trienal de actualización en derecho matrimonial y de procedimiento canónico - Derecho Canónico
• Poética & Cristianismo - Comunicación
• Markets, Culture and Ethics - Teología e Filosofía
• Instituto Histórico San Josemaría Escrivá (ISJE)
• Historia de los Concilios - Teología
• Enciclopedia Philosophica - Filosofía
• Seminario profesional bienal “The Church Up Close” - Comunicación
• Centro de estudios sobre la relación entre familia y mass media  “Family and Media” - Comunicación
• Centro de investigación "Retorica & Antropologia" - Comunicación