La especialización en Historia de la Iglesia, para alumnos que han terminado el ciclo institucional de filosofía y teología, tiene como objetivo preparar a los profesores que enseñarán las materias históricas del primer ciclo (Historia de la Iglesia, Patrología y Arqueología Cristiana), y que deberán responder a las diversas exigencias eclesiales de ámbito histórico (organización de archivos, estudios sobre santos locales, investigaciones sobre la historia de las diócesis). La especialización se realiza en dos años e incluye la presentación de una tesis.

El Departamento ofrece diversos Masters en Historia de la Iglesia a quienes estén en posesión de un título universitario en humanidades.