Entre otros, la Facultad está trabajando actualmente en los siguientes proyectos de investigación.

Centro de Documentación Interdisciplinar de Ciencia y Fe (DISF) (DISF)
Asociado a la cátedra de Teología fundamental, pretende ponerse al servicio del diálogo entre la cultura científica y la fe cristiana, a través de una formación interdisciplinar.
El Centro está presente en red con el Portal homónimo y cuenta con el apoyo del Servicio Nacional para el Proyecto Cultural de la Conferencia Episcopal Italiana. 

Markets, Culture and Ethics (MCE)
Realizado en colaboración con la Facultad de Filosofía, se propone llamar la atención sobre la ética y la economía, promoviendo un estudio profundo en una perspectiva interdisciplinar. El objetivo es desarrollar la enseñanza de la doctrina social de la Iglesia, a través de un programa educativo y cultural que implica el mundo de la empresa y de las finanzas.

Historia de los Concilios
Nacido en 1986 con la Revista Annuarium Historiae Conciliorum (fundada por el Cardenal Walter Brandmüller). Publica en dos fascículos anuales artículos, notas y comentarios y una bibliografía actualizada sobre los Concilios y Sínodos. Tiene también una Serie de estudios y un Diccionario de los Concilios. Cada dos años el Proyecto organiza un congreso itinerante sobre la historia de los Concilios.

Etica e politica
www.eticaepolitica.net è una pagina che intende offrire strumenti per l’approfondimento dei problemi etici ed etico-politici. È un’iniziativa personale di alcuni professori di etica e teologia morale della Pontificia Università della Santa Croce (Roma), con la quale si mettono a disposizione del pubblico interessato studi, ricerche e pareri già pubblicati o inediti.
Negli studi pubblicati viene indicata sempre la fonte.
I testi inediti possono essere citati indicando l’autore e l’ubicazione in rete. Le idee e opinioni contenute in ogni singolo contributo sono di esclusiva responsabilità di chi lo firma. La pagina è gestita direttamente dai proff. Angel Rodríguez Luño, Enrique Colom e Duarte Sousa Lara.