Durante el segundo y el tercer año de Licenciatura, los estudiantes deberán realizar algunos cursos opcionales, hasta conseguir un mínimo de 25 ECTS.

Algunos de estos cursos son teóricos y otros prácticos; los imparten profesores de la Facultad, Jueces de la Rota Romana, jueces de tribunales diocesanos, Oficiales de la Curia Romana y Abogados Rotales, y pretenden que los alumnos adquieran la formación más adecuada para los futuros trabajos pastorales( jueces, secretarios de la curia, abogados y defensores del vínculo, etc.)

Al comienzo del año académico se publicará la lista actualizada de los cursos opcionales que se impartirán en los dos semestres, así como los "numerus clausus" establecido para algunos de estos cursos.

Están previstos los siguientes cursos opcionales:

• Q401 El consenso matrimonial (2 Ects)
• Q432 Derecho de la Rota Romana (3)
• Q442 Curso práctico de causas matrimoniales I (4)
• Q452 Curso práctico de causas matrimoniales  II (4)
• Q463 Curso práctico del proceso matrimonial (5)
• Q371 La evaluación psiquiátrica en los casos de nulidad matrimonial (2)
• Q411 Procesos matrimoniales especiales (4)
• Q471 Procedimiento penal (4)
• Q302 Las causas de los santos (4)
• Q312 Derecho del procedimiento administrativo (4)
• Q391 Cuestiones jurídico-canónicas de la atención pastoral parroquial (3)
• Q322 Los derechos humanos: fundamento, formulación y tutela (3)
• Q331 Los estatutos de las asociaciones de fieles. Criterios para la presentación y aprobación (3)
• Q361 Procedimientos y praxis relativos al estatuto del clérigo  (3)
• Q341 Ordenamientos y praxis de la Curia Romana (3)
• Q421 La responsabilidad jurídica de la administración y El recurso contencioso administrativo (3)
• Q481 Canon Law and State Law: A Comparative Analysis of Legal Systems in the World (2)
• Q491 Religious Law in Comparative State Law at the Dawn of the 21st Century (2)
• Q501 Cuestiones de derecho patrimonial canónico (3)
• Q511 Aspectos históricos del derecho patrimonial canónico y consecuencias en los sistemas de derecho eclesiástico (2)
• Q521 Derecho natural y cultura jurídica europea (2)

Por petición de los interesados, también se podrán reconocer como cursos opcionales los cursos organizados por los Dicasterios de la Curia Romana y de otras Facultades de Roma de Derecho Canónico, sobre los que se dará aviso, además de los cursos organizados por otras Facultades de la Universidad Pontificia de la Santa Cruz.

Además, durante el tercer año de Licenciatura, el estudiante deberá asistir al Seminario de Investigación y presentar un trabajo.