Los estudios del segundo ciclo tienen una duración de tres años académicos, al finalizarlos se consigue el título de Licenciatura en Derecho Canónico, tras la superación de la prueba de grado.
Las materias que se tratan siguen una fórmula estable - y no cíclica -, de forma que se permite a los estudiantes recibir el primer año la formación fundamental, para después profundizar en los años sucesivos en las diversas ramas del saber canónico.
Para una preparación más adecuada para el desarrollo de las  funciones pastorales futuras (jueces, cancilleres de la Curia, abogados, defensores del vínculo), el segundo y tercer años de Licenciatura prevén asignaturas optativas - prácticas y teóricas - impartidas, tanto por profesores de la Facultad, como por jueces de la Rota Romana o de otros tribunales eclesiásticos, de Oficiales de la Curia Romana y de Abogados Rotales.