El primer ciclo (institucional), de tres años de duración, se concluye con el grado de Bachillerato en Filosofía (Diploma de primer nivel). Ofrece un programa de formación orgánico y estructurado sobre los diversas áreas del pensamiento y de la historia de la filosofía, estimulando en el estudiante la capacidad de afrontar rigurosamente y con profundidad los diversos aspectos del saber humano. A través de las lecturas filosóficas, la investigación personal y el curso de metodología, los estudiantes asimilan el método propio de la investigación filosófica.

Los cursos del Primer Ciclo tienen un carácter sistemático. El fundamento de estos cursos está constituido por la Metafísica, que por su estrecha relación con la Ética y la Antropología, ilumina el estudio de las principales temáticas filosóficas. Un particular énfasis se da a la adecuada compresión de la íntima armonía entre el recto uso filosófico de la razón y la fe en la Revelación sobrenatural, para adquirir una visión unitaria del saber en su relación con la doctrina y la moral cristiana.

Una gran importancia es también atribuida al estudio del latín, del griego y de las lenguas modernas, necesarias para acceder directamente a las fuentes de la filosofía y para proseguir en los estudios de especialización del Segundo y Tercer Ciclo.

Al superar los dos primeros años del Primer Ciclo se da la posibilidad de proseguir en los estudios del Primer Ciclo de la Facultad de Teología.

Completando el tercer año y superada la Prueba de Grado (o a petición del estudiante a la Tesis de Grado, si no tiene la intención de inscribirse en Licenciatura) si obtiene el Diploma de Bachillerato en Filosofía, y es posible ser admitido a los estudios del Segundo Ciclo (Licenciatura especializada) de la Facultad de Filosofía. El Diploma sigue las directivas del Protocolo de Bolonia, y por tanto da acceso a los estudios del Segundo nivel en otra Universidad civil o eclesiástica, previo reconocimiento del currículum de estudios.