La Facultad trabaja actualmente, entre otros, en los siguientes proyectos de investigación:

Science, Theology and the Ontological Quest (STOQ)
En colaboración con otras Universidades pontificas romanas, el proyecto STOQ quiere desarrollar un diálogo fructífero entre ciencia y fe a través de programas de estudio y de investigación.
En los últimos años el proyecto se ha detenido en las cuestiones de Dios en la racionalidad contemporánea y sobre la relación entre neurociencias y la filosofía.  

Markets, Culture and Ethics (MCE)
Realizado en colaboración con la Facultad de Teología, se propone reflexionar operativamente sobre la ética y la economía, promoviendo el estudio profundo de sus relaciones en una perspectica interdisciplinar. El objetivo es desarrollar la doctrina social de la Iglesia, a través de un programa educativo y cultural en conexión con el mundo de la empresa y de las finanzas.
 

Premio Internazionale di Filosofia Antonio Jannone
Creado por Mons. A. Jannone (Lauro di Nola,1906 – Roma 2007), y confiado en el 2001 a la Facultad de Filosofía de la Pontificia Universidad de la Santa Cruz, el Premio Jannone se otorga cada tres años, en reconocimiento a los méritos académicos en el ámbito del pensamiento clásico.