El segundo ciclo  o Licenciatura, (Diploma de segundo nivel), con  dos años de duración, es un programa abierto a aquellos que han obtenido el Bachillerato en Filosofía (Diploma del Primer nivel) en una Facultad eclesiástica, con la calificación mínima de cum laude 8,0, o que hayan desarrollado estudios universitarios equivalentes.

En el transcurso de dos años de la Licenciatura se estudia con mayor profundidad el pensamiento de los principales filósofos, y su objetivo es que los estudiantes además puedan adquirir los principios y los métodos filosóficos necesarios para la enseñanza y la investigación. Los cursos dirigen una particular atención a las cuestiones emergentes del actual desarrollo de las ciencias experimentales y humanas.

La Facultad ofrece actualmente dos especializaciones: en Ética y Antropología, que dedica una atención particular a las dimensiones racionales y culturales del ser humano y de su actuar; y en Metafísicia y Ciencia, que propone el estudio de las principales dimensiones de la racionalidad humana en relación a los resultados de las distintas ciencias, y a la profundización metafísica de la comprensión de la realidad.

• Especialización en Ética y Antropología
• Especialización en Metafísicia y Ciencia

​Plan de estudios

A partir del a. a. 2013-2014, la Facultad ha establecido un nuevo plan de estudios, que tiene en cuenta las nuevas normativas de Estudios Eclesiásticos de Filosofía aprobados por la Congregación para la Educación Católica del 28 de enero de 2011. El Segundo Ciclo requiere haber completado previamente un primer ciclo de estudios de tres años, o haber obtenido la equivalencia por medio de un programa especial aprobado por la Facultad.
Cada estudiante, después de haber elegido su especialización, desarrollar personalmente el propio plan de estudios, que debe ser aprobado por la Facultad. Para completar la Licencia debe obtener un total de 120 créditos ECTS, distribuidos de la siguiente manera:

a) Cursos y seminarios filosóficos

Los cursos de especialización comprenden las áreas temáticas fundamentales de cada especialidad, y son obligatorias para los estudiantes matriculados en cada uno de ellas. Cada semestre, el estudiante tendrá dos cursos de la especialización de 4,5 créditos ECTS cada uno.

Los cursos optativos vienen elegidos entre los cursos de la otra especialidad, y tienen el fin de completar la visión integral de la filosofía de cada estudiante, con el estudio en profundidad de algunos temas centrales que no pertenecen a su propia área de especialización. Cada semestre, el estudiante debe elegir un curso optativo de 4,5 créditos ECTS.

Los Seminarios de lectura ofrecen a todos los estudiantes de la Licenciatura un camino para profundizar las obras fundamentales de las principales áreas de la filosofía: Epistemología, Antropología, Metafísica y Ética, a través de la lectura personal, el estudio de textos y la discusión. Semanalmente una sesión celebrada en pequeños grupos, bajo la guía del maestro, permite verificar el trabajo realizado y la discusión de los textos estudiados. El trabajo principal del seminario consiste en la lectura y el trabajo personal: a cada seminario se asignan 6 créditos ECTS, lo que significa que se necesita una dedicación personal de alrededor de 6/8 horas a la semana, con exclusión del tiempo de las sesiones en aula.

Cada año la Facultad ofrece algunos cursos complementarios, normalmente de 3 créditos ECTS. Cada estudiante debe completar su propio plan de estudios con 12 créditos (un curso cada semestre) elegidos de entre estos cursos o de los ofrecidos por otras Facultades, con la previa aprobación de la Facultad de Filosofía.

b) Cursos de idiomas

El conocimiento de las lenguas clásicas y modernas es requisito imprescindible para el estudio del pensamiento filosófico. Al final de la Licenciatura es necesario demostrar un conocimiento adecuado de la lengua latina, la lengua griega, de la lengua inglesa y de otra lengua (francés, alemán, español, u otra lengua aprobada por la Facultad). El nivel mínimo de conocimiento exigido es el suficiente para leer las publicaciones filosóficas en estos idiomas.

La Licenciatura especializada en Filosofía prevé un curso dedicado al estudio de las lenguas de 3 créditos ECTS cada semestre . Para su elección se tendrán en cuenta el currículum de cada estudiante, así como sus preferencias. En el primer año será posible completar sus conocimientos de latín o de una lengua moderna, siguiendo los cursos correspondientes del Departamento de Idiomas de la Universidad. En el segundo año, tendrá que completar el conocimiento del griego, siguiendo los cursos de la Lengua griega que ofrece el Departamento de Idiomas.

Para completar estos conocimientos, también es posible, de acuerdo con la Facultad, seguir los cursos de verano organizados por el Departamento de Lenguas, en el mes de julio (latín, griego) y septiembre (latín y lenguas modernas).

c) Exámenes Finales

La Licenciatura se completa elaborando de una tesis, a la que se asignan 14 créditos ECTS, y pasando el examen de grado (4 créditos ECTS).