El Curso Superior de Ciencias Religiosas ofrece una visión sistemática del misterio de la salvación a través de las disciplinas obligatorias, las disciplinas aconsejadas, los seminarios, etc. Consta de 300 créditos ECTS (60 cada año) y está estructurado en 3+2 El Instituto se caracteriza por una peculiar metodología didáctica, que propone las formas tradicionales de enseñanza presencial (clases magistrales, trabajos escritos, exámenes orales) de una forma flexible, adaptada a los que por razones geográficas, profesionales, familiares, etc. no pueden asistir a un Instituto presencial.

Cada año consta de 200 horas de clases obligatorias, distribuidas a los largo del año en seis ciclos intensivos, por un total de 24 días de clase.
Las clases y los exámenes orales tienen lugar en la sede de la Universidad. A cada estudiante se le asigna un profesor con el rol de tutor, con la tarea de ayudar al estudiante a resolver sus dudas o dificultades en relación con los estudios, especialmente en relación a los aspectos organizativos y metodológicos.

En el ciclo trienal se afrontan todas las disciplinas teológicas y filosóficas fundamentales. Al finalizar este ciclo se puede conseguir la Licenciatura en Ciencias Religiosas (Bachillerato en Ciencias Religiosas);

El bienio de especialidad permite una compromiso eclesial más cualificado. Al finalizar este ciclo se puede conseguir la Licenciatura magistral en Ciencias Religiosas (Licenciatura en Ciencias Religiosas).

En el curso académico 2011/2012 se ha activado un Máster bienal de 1º nivel en "Religión & Sociedad" que se avale de la misma estructura del mismo nombre del bienio de especialidad y en la que pueden ser admitidos aquellos que tengan un diploma universitario civil (o eclesiástico) de al menos tres años de duración.